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黑籽南瓜的種子有一個(gè)特點(diǎn)，前1年充實(shí)的種子發(fā)芽好，不充實(shí)的種子發(fā)芽差；但當(dāng)年的種子卻正相反，充實(shí)的種子發(fā)芽率較低，而不充實(shí)的種子發(fā)芽率卻相對(duì)要好。

這主要是黑籽南瓜種子具有一定的休眠特性所造成的。新采收的飽滿種子由于還處于休眠期，所以發(fā)芽率相對(duì)較低，不飽滿的種子由于發(fā)育還不充分，還未完全進(jìn)入休眠，故發(fā)芽率反而要高。

種子存放1年以后，飽滿種子已解除休眠，發(fā)芽率就高，而不飽滿的種子，因發(fā)育不充分，發(fā)芽能力下降較快，到第二年也就沒有多少發(fā)芽能力了。這就是，士產(chǎn)中為什么要采用隔年陳種的原因。

采收種瓜時(shí)，要小心操作，避免損失果實(shí)，以免果實(shí)在后熟過程腐爛。種瓜采收后，要先放在通風(fēng)干燥處后熟10天左右，然后再進(jìn)行采種。黑籽南瓜果實(shí)內(nèi)的汁液具有一定的腐蝕性，因此采種時(shí)要戴膠皮手套，勿使果汁接觸皮膚。

黑籽南瓜種子外具有一層黏膜，采種時(shí)應(yīng)用清水反復(fù)淘洗干凈，然后攤在尼龍篩網(wǎng)或竹編篩網(wǎng)上，在陽(yáng)光下曬半天，再陰干3-4天，讓種子充分干燥。待種子充分干燥后，將種皮變形、顏色差、種皮過厚或過薄、籽粒極小的種子去除，然后將種子裝袋置于陰涼干燥處保存。