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基因工程的主要應用在農(nóng)牧業(yè)、食品工業(yè)、環(huán)境保護、醫(yī)學、醫(yī)藥衛(wèi)生等方面。

1、農(nóng)牧業(yè)、食品工業(yè)方面：運用基因工程技術，不但可以培養(yǎng)優(yōu)質(zhì)、高產(chǎn)、抗性好的農(nóng)作物及畜、禽新品種，還可以培養(yǎng)出具有特殊用途的動、植物。比如：轉(zhuǎn)基因魚生長快、耐不良環(huán)境、肉質(zhì)好的轉(zhuǎn)基因魚（中國）；轉(zhuǎn)基因牛乳汁中含有人生長激素的轉(zhuǎn)基因牛（阿根廷）；轉(zhuǎn)黃瓜抗青枯病基因的甜椒；轉(zhuǎn)魚抗寒基因的番茄；轉(zhuǎn)黃瓜抗青枯病基因的馬鈴薯；不會引起過敏的轉(zhuǎn)基因大豆；超級動物導入貯藏蛋白基因的超級羊和超級小鼠；特殊動物導入人基因具特殊用途的豬和小鼠；抗蟲棉：蘇云金芽胞桿菌可合成毒蛋白殺死棉鈴蟲，把這部分基因?qū)朊藁ǖ碾x體細胞中，再組織培養(yǎng)就可獲得抗蟲棉。

2、環(huán)境保護方面：基因工程做成的DNA探針能夠十分靈敏地檢測環(huán)境中的病毒、細菌等污染。利用基因工程培育的指示生物能十分靈敏地反映環(huán)境污染的情況，卻不易因環(huán)境污染而大量死亡，甚至還可以吸收和轉(zhuǎn)化污染物。

3、醫(yī)學方面：基因作為機體內(nèi)的遺傳單位，不僅可以決定我們的相貌、高矮，而且它的異常會不可避免地導致各種疾病的出現(xiàn)。某些缺陷基因可能會遺傳給后代，有些則不能?；蛑委煹奶岢鲎畛跏轻槍位蛉毕莸倪z傳疾病，目的在于有一個正常的基因來代替缺陷基因或者來補救缺陷基因的致病因素。

4、醫(yī)藥衛(wèi)生方面：基因工程胰島素、基因工程干擾素、其它基因工程藥物（比如人造血液、白細胞介素、乙肝疫苗等）、基因診斷與基因治療、SCID的基因工程治療。