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1、是利用生物技術(shù)制備的分子水平的疫苗，包括基因工程亞單位疫苗、合成肽疫苗、抗獨(dú)特性疫苗、基因工程活疫苗、DNA疫苗以及轉(zhuǎn)基因植物疫苗。

2、基因工程亞單位疫苗是用DNA重組技術(shù)，將編碼病原微生物保護(hù)性抗原的基因?qū)胧荏w菌（如大腸桿菌）或細(xì)胞，使其在受體細(xì)胞中高效表達(dá)，分泌保護(hù)性抗原肽鏈。提取保護(hù)性抗原肽鏈，加入佐劑即制成基因工程亞單位疫苗。首次報(bào)道成功的是口蹄疫基因工程疫苗，此外還有預(yù)防仔豬和犢牛下痢的大腸桿菌菌毛基因工程疫苗。